|
|
High-dimensional single cell cytometry approach for immune system analysis
Koladiya, Abhishek ; Němečková, Šárka (vedoucí práce) ; Cosma, Antonio (oponent) ; Souček, Karel (oponent)
Technologický pokrok umožnil nástup nových technologií jednobuněčné analýzy, které jsou schopné současně měřit velký počet buněčných funkcí a vlastností. Tyto technologie byly následně použity k objasnění heterogenity buněčných systémů dříve považovaných za homogenní a pro identifikaci charakteristických vlastností jednotlivých buněk v jejich nikách. Technologie pro studium jednotlivých buněk dnes představují důležitý nástroj pro výzkum imunologických mechanismů, které jsou podstatou různých onemocnění. V této souvislosti je cytometrie jednou z mnoha vysoce výkonných metod schopných prozkoumat více než 50 znaků na jedné buňce. Využití plného potenciálu cytometrie však vyžaduje vývoj optimalizovaného panelu. Výsledná mnohadimenzionální data navíc představují výzvu pro existující výpočetní techniku. Tato práce se pokouší tyto výzvy řešit. První část práce je zaměřena na vývoj nelineárního algoritmu založeného na vkládání vysoko dimenzionálních uzlů do 2D prostoru pro rychlou analýzu cytometrických dat s názvem EmbedSOM. V porovnání s jinými nejmodernějšími algoritmy vykazuje EmbedSOM vyšší rychlost zpracování. To je zásadní pro analýzu velkých datových souborů s miliony buněk. Kromě toho má EmbedSOM další funkce, jako je možnost provádět vkládání uzlů na základě významných bodů, tzv. "landmarks",...
|
|
| |
|
|
Parallel single-cell analysis of active caspase-3/7 in apoptotic and non-apoptotic cells
Ledvina, Vojtěch ; Klepárník, Karel
Caspases are proteases that play key role in the process of apoptosis, the programmed\ncell death. Among them, caspase-3 and -7 are main executioner caspases that cleave\nmany vital proteins during apoptosis and after their widespread activation, the process\ncannot be reversed. To analyze caspase-3/7 activation within single cells, a miniaturized\ndevice for parallel analysis of eight samples was developed. The assay is based on the\nmodified luciferin-firefly luciferase bioluminescence (BL) system. Individual\nsuspended cells were collected and transferred into detection microvials using a\nmicromanipulator. The bioluminescence was detected using a photon counting head\nwith cooled photcathode. The LOD suitable for detection of active caspase-3/7 in both\napoptotic and non-apoptotic cells was reached.
|
host ::
RSS.